Ebu Hanife bütün zorlamalara rağmen hükümet ve siyaset işlerine karışmamış, ancak Abbasi Devletinin İkinci Halifesi Ebu Cafer Mansur'un Kendi yorumladıkları İslama uymayan davranışlarına ve yönetim anlayışına fetva vermediğinden, Ebu Hanife hapsettirip işkence yaptırmış ve zehirleterek öldürtmüştür.Vefatından sonra çok kimseler onu rüyasında gördüklerini söylemişler ve kabrini ziyaret ederek, onun şânının yüceliğini dile getiren rivayetler anlatmışlardır. “Yüz elli senesinde dünyanın ziyneti gider” hadis-i şerifinin, imam-ı A’zam için olduğunu İslam âlimleri bildirmiştir. Çünkü o tarihte Ebu Hanife gibi bir büyük vefat etmişti. Mezhebi, İslam âleminin büyük bir kısmına yayıldı. Selçuklu Sultanı Melikşah’ın vezirlerinden Ebu Sa’d-i Harezmi Ebu Hanife'nin kabri üzerine mükemmel bir türbe ve çevresinde bir medrese yaptırdı. Daha sonra Osmanlı padişahları bu türbeyi defalarca tamir ettirmiştir. Bkz: İmam-ı Azam Ebû Hanife Külliyesi